自然界には実に数多くの細菌がいます。職場・家・学校・ホテル・などあらゆる場所に細菌は存在しています。それらの場所に手が触れると最近が付着します。しかし手洗いすることにより付着した細菌のほとんどを洗い流すことができ、感染することはほとんどありません。
人の体にも多くの細菌が生息しており共存共栄を営んでおります。しかし、怪我や病気により体力が落ちたときなどは感染を起こしやすくなります。
微生物検査は感染症が疑われたとき、喀痰・便・尿などから原因菌を見つけ出し、有効な薬剤を調べる検査です。

●　顕微鏡検査

検体（喀痰・尿など）をスライドグラスに取り、特殊な染色（グラム染色）を施し、染まり方にてグラム陽性・グラム陰性菌に分け、形状から丸いものを球菌、棒状の物を桿菌とします。（グラム陽性球菌とかグラム陰性桿菌と大きく分類します。）

●　培養検査

検体を培地に塗布し、３５℃にて２４時間培養すると、菌の塊を形成します。

●　同定検査

菌の種類を調べ、菌名を特定します。

●　薬剤感受性試験

菌の種類が判明したら、どの薬剤が効果があるか調べます。
全ての検査が出るのに３～５日程度かかります。結核菌については６週～８週間かかります。

最近薬剤に対して耐性の菌が出ています。たとえばＭＲＳＡ（メシチリン耐性黄色ブドウ球菌）があります。メチシリンという薬剤に対して耐性（薬が効かない）の菌です。今はメチシリンだけでなく、ほとんどの抗生剤についても耐性です。ＭＲＳＡは院内感染を引き起こす代表的な細菌です。この菌の発生を抑え、院内感染が起こらないように感染対策委員会があります。